全球有花植物系统发育树
有花植物（被子植物）是地球上最多样化的生物群之一。它们在大多数陆地生态系统中占主导地位，既是许多其他生物的主要食物来源，也是它们的栖息地。由于它们对陆地生态系统和其他生物的重大影响，了解它们的多样性和分化的时间和空间格局对于阐明物种多样性和物种分布的驱动机制至关重要。
关于本研究
基于完整的定年的被子植物属级系统发育树和被子植物全球分布数据库，本研究探讨了被子植物分化和分布的时空格局。
Saxifraga sp. (Saxifragales) Location: China Photo: Lei Zhang
被子植物属级系统发育树
系统发育树的构建基于公开的分子数据，如GenBank等。
· Softeware to extract data from the GenBank
由于GenBank的DNA序列数据庞大，我们使用了系统的算法来提取和评估用于构建系统发育树的DNA序列数据的质量。
OneZoom系统发育树和资源浏览器
我们在文章正文中的分析所使用的树可以使用OneZoom树可视化工具在此进行探索。该工具也提供来自各种开放获取的在线来源（如维基百科和Encyclopedia of Life）的额外信息的链接，这些附加内容使OneZoom工具能够较好地服务于教育目的。此外，newick格式的系统发育树的文件也可以通过此页面右侧的链接获得。
我们使用化石数据来为系统发育树定年，然后用polytomy resolvera将没有DNA数据的类群添加到谱系树上，并消除多岐分支。
数据来源
被子植物的全球分布来自1,300多个数据来源，包括已发表的植物志、标本记录、在线数据库和其他植物学文献等。
主要数据来源包括：
· Plants of the world online (http://www.plantsoftheworldonline.org/)
· Catalogue of Life annual-checklist 2018(http://www.catalogueoflife.org/annual-checklist/2018/)
· eFloras
· Kew's data and resources concerning plants(https://www.kew.org/science/data-and-resources/plants)
· Tropicos (http://www.tropicos.org/), Missouri Botanical Garden's electronic databases during the past 30 years
· The Internal Legume Database & Information Service (ILDIS, http://ildis.org/)
· Global Biodiversity Information Facility (GBIF, https://www.gbif.org/)
· The Angiosperm Flora of India (beta version, http://flora.indianbiodiversity.org/)
· The Euro+Med PlantBase (http://www.emplantbase.org/home.html), an on-line database and information system for the vascular plants of Europe and the Mediterranean region
· National Specimen Information Infrastructure (NSII, http://www.nsii.org.cn), including over 6 million digitized plant specimens of China.
· Flora Reipublicae Popularis Sinicae.
· Chinese Virtual Herbarium (CVH, http://www.cvh.ac.cn/), including digitalized provincial floras of China.
· The PLANTS Database (https://plants.usda.gov/) provides standardized information about the vascular plants, mosses, liverworts, hornworts, and lichens of the U.S. and its territories.
· African Plant Database (http://www.ville-ge.ch/musinfo/bd/cjb/africa/index.php?langue=an), including distribution maps for over 50,000 species of Africa.
· Flora of U.S.S.R. (vol. 1-30)
· CANBR and ANBG databases (https://www.anbg.gov.au/cpbr/databases/), including all botanical databases of Australia.
· Flora do Brasil 2020 (http://floradobrasil.jbrj.gov.br/), including province level distribution of over 30, 000 angiosperm species in Brazil.
· Other data sources (link to the page of whole data sources list).
除了已经数字化的数据外，我们还将大量纸质版的地区和本地植物志记录进行数字化。来自不同来源的物种名按照The Plant List和Catalogue of Life 2018进行了统一。